2004年8月，厦门市综治委成立厦门市社会治安综合治理委员会指导人民调解工作协调领导小组及其办公室。成员单位有市委政法委、中级人民法院、公安局、司法局、民政局、劳动和社会保障局、财政局、建设与管理局、交通委、教育局、林业局、海洋与渔业局、市农办、市总工会、团市委、市妇联、工商局、经济发展局、信访局等部门，组长由市委副书记、政法委书记陈炳发担任。办公室设在市司法局，主任由市司法局局长沈恒斌兼任。之后，全市6个区也先后成立协调领导小组及办公室。

2004年8月18日，经市综治委指导人民调解工作协调领导小组及办公室成员会议讨论并通过了市综治委指导人民调解工作协调领导小组及办公室的工作职责和工作制度，明确规定办公室有专项工作职责。