为了加强对依法治市工作的领导，1994年4月4日，市委决定成立厦门市依法治市领导小组，由市委副书记、市长担任组长，领导小组下设办公室（正局级），与市司法局合署办公。依法治市办公室有5名编制，1995年又增加2名编制，共配有7名干部。在司法局内增设法制指导处（2002年改为普法依法治理工作处），负责办公室具体工作。1999年，依法治市领导小组组长由市委书记担任，市长任第一副组长。各区、市直各部门、各单位相继成立领导机构，由一把手担任领导小组组长，实行“一把手”负总责。全市的普法和依法治市工作，做到党委有“决定”，人大有“决议”，政府有“规划”，各级、各部门有“实施方案”。为强化依法治市办公室职能作用，1995年12月4日，经市委同意，由市委办公厅、市政府办公厅印发关于《厦门市依法治市办公室的职责与职权》的通知，通知明确规定了市依法治市办的8项职责、4项职权。