司法行政机关作为国家机器的重要组成部分，在我国司法体系和法制建设中具有重要地位。追溯司法行政工作的发展历史，源远流长。据《福建省志、司法行政志》和《厦门政法志》等资料记载，福建自秦时建闽中郡始至清末，厦门古称嘉禾屿，属同安县辖。明初在岛上建厦门城，清初，郑成功改厦门为思明州。康熙23年（1684年）清政府在厦门设立台厦兵备道，统一管理台湾、厦门两地事务。雍正5年（1727年）台厦兵备道被撤销，改设兴原永兵备道，辖兴化、泉州、永春二府一州。厦门自此成为闽南地区的政治、军事、文化中心。在封建王朝时期的行政与司法、司法行政与审判混而不分，刑民案件都由府（州、郡）县（军）衙门的知府、知县受理，历代设有判官、推官、司法参军、司理参军、司狱、典史等辅佐之，并设监狱、拘留所。至清末，厦门地方审判厅、检察厅相继成立，司法行政与审判职能始有区分。然而自鸦片战争后，厦门被迫成为五口通商的口岸之一，西方资本主义列强利用清朝的腐败昏庸，通过不平等条约把领事裁判权制度强加于中国，严重侵犯了中国的司法主权。早在光绪28年（1902年），帝国主义列强迫使清政府将鼓浪屿划为公共租界，并设立由其主导的“工部局”、“会审公堂”等机构，行使行政管理权和司法管辖权，前后长达40多年。清光绪32年（1906年），开始单独设置司法行政机构。同年12月，厦门兴泉永道创办厦门警政，称兴泉永道巡警总局，下辖区局。宣统2年（1910年）7月，在厦门设立厦门商埠初级审判厅及厦门商埠地方审判厅，同时设立厦门商埠地方检察厅。这些机构设立不久，清王朝便覆灭了。
民国时期，厦门设置思明县。民国2年（1913年），厦门开始有律师执业活动。民国3年（1914年），北洋政府颁布《县知事兼理司法事务暂行条例》，规定县一级由知事兼理审判和司法行政。民国7年（1918年）4月5日，思明律师公会成立。厦门在这期间，兴泉永道巡警总局改为厦门警务局（并改称厦门警察厅），原厦门商埠初级审判厅、商埠地方审判厅和检察厅，分别改为思明地方审判厅和检察厅。民国11年（1922年）增设福建省高等审判厅厦门分厅和福建省高等检察厅厦门分厅。民国16年（1927年）后，原厦门警察厅改为厦门公安局，原思明地方审判厅改为思明地方法院，原福建省高等审判厅厦门分厅改为福建省高等法院厦门第一分院，改变审判、检察分立制度。民国21年（1932年）厦门律师公会成立。民国24年（1935年），厦门正式设市。民国26年（1937年），在厦门凤屿建成厦门第3监狱。自民国16年（1927年）以来，厦门的国民党反动派推行《反革命活动治罪法》，运用警察、监狱等国家机器，以及中统、军统两大特务组织在厦门建立的秘密机关，对革命人民群众进行残酷镇压，无数共产党人和进步人士牺牲在反动派屠刀之下。民国27年（1938年）5月，日本帝国主义武装侵占厦门，时达7年3个月之久。厦门沦陷期间，日本侵略者建立汉奸傀儡政权，设置了伪警察厅、法院、检察署等机构，充当其压迫统治中国人民的鹰犬，大批中国同胞被关押、杀害或折磨至死。
民国25年（1936年），在国民党统治区，司法行政部通令各省设立县一级司法处，逐渐将县长兼理司法归由司法处办理，为建立地方法院做准备。同时，大力宣传《六法全书》（指宪法、民法、商法、刑法、民事诉讼法、刑事诉讼法等6种法律的汇编）。民国34年（1945年）9月，日本投降后，各级司法制度逐渐步入正规。厦门市的司法机关均按抗战前建制恢复，鼓浪屿公共租界及外国领事裁判权制度正式被撤销。至民国37年（1948年），福建全省有9个律师公会，厦门市律师公会有律师47人。厦门市地方法院设立公证处。
抗日战争胜利之后，国民党虽然建立了司法机构和司法制度，但并未严格实施。至民国38年（1949年），全省仍有3/4县仅设由县长领导的司法处。民国35年—36年（1946—1947年），厦门市司法机关开展审理惩办日本汉奸工作。由于办案官吏受汉奸贿赂，大批汉奸仅受到处分，226名汉奸中有78名只受到轻刑罚，这引起社会各界人士强烈不满。与此同时，国民党司法警察机关、特务组织继续残酷镇压革命群众，迫害捕杀共产党进步人士。尤其是临近解放时期，国民党在各地的政法、军事、特务机构纷纷撤逃来厦，蒋介石派特务头子毛森到厦门充当警备司法部司令。毛森一方面搜罗闽南一带土匪、特务，组成“东南人民反共救国军闽南军区”，辖8个“纵队”，准备解放后策动武装叛乱；另一方面统一指挥厦门市各系统特务组织及警察、宪兵进行垂死挣扎，长时间持续搜捕大批中共地下党员和革命群众，酷刑迫害，公开或秘密杀害，同时监捕工商界人士勒索钱财，使厦门市又一次陷入血腥的白色恐怖之中，直至民国38年（1949年）国民党统治结束。
1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立。10月17日，厦门解放。厦门解放时，行政管辖范围仍限于厦门岛及鼓浪屿，面积131平方公里，人口共184496人。至1958年，原海澄县所属的海沧乡、新乡及原晋江地区所属的同安县先后划为厦门市管辖。原南安县所属的莲河及大、小嶝岛又划给同安县，全市面积增至1516平方公里。1980年10月，国务院批准厦门设立经济特区（1984年3月，又将特区范围扩大到全岛）。1994年3月22日，八届全国人大二次会议通过了《全国人民代表大会关于授权厦门市人民代表大会及常委会和厦门市人民政府分别制定法规和规章在厦门经济特区实施的决定》。
新中国成立初期，在中央设立了司法部，在地方大行政区亦有司法部，省、市级司法行政工作最初由省、市人民法院（内设司法行政处）兼管；各专、县则成立司法科，在专员、县长领导下统管审判和司法行政工作。不久，司法科被撤销，陆续成立人民法院，由法院秘书兼管司法行政工作。厦门市人民法院于1949年10月22日成立，1957年11月改称为厦门市中级人民法院。这一时期，各级人民法院均是同级人民政府的组成部分，受其领导。司法行政工作的中心任务是与公安部门一道贯彻《中国人民政治协商会议共同纲领》宣告的“废除国民党反动政府一切压迫人民的法律、法令和司法制度，制定保护人民的法律、法令，建立人民司法制度”。1950年，政务院决定将司法机关管辖的监狱、劳教队移交公安机关管理。1951年后，厦门市法院试办公证业务。同年，结合乡镇政权建设，开始推行人民调解工作。1952年上半年，法院结合“三反”（反贪污、反浪费、反官僚主义）运动进行司法改革，召开各种类型的诉讼当事人、工人、居民会议，检举揭发司法人员的贪赃枉法问题，受到中央人民政府政治法律委员会、最高法院、司法部的通报表扬。
1951-1953年，厦门政法机关先后开展禁毒运动和取缔娼妓的行动，彻底根除了烟毒祸害，废除了娼妓制度。1954年9月，《中华人民共和国宪法》和《人民法院组织法》颁布后，各级人民法院的体制从原来隶属于同级人民政府改变为接受同级人民代表大会的监督；在省级正式成立司法行政机构。专、市、县级的司法行政工作仍由同级人民法院兼管。
1956年7月，省人民政府批转司法厅《关于开展人民律师工作的报告》，厦门市法律顾问处于1956年7月成立，隶属人民法院管理，配有6名律师人员。1956年7月，厦门市和同安县法院成立公证室，配备了3名公证员。当时，大多数的乡村、居委会建有人民调解委员会。人民公社化后，人民调解委员会改为调处委员会，用以约束“大法不犯、小法常犯”的不良行为。1956年，厦门市设立劳动教养办公室，开办劳教农场。
1957年，由于反右派斗争扩大化的影响，当时宪法和法院组织法规定的一些法制原则、制度被当作“资产阶级法律观点受到批判，律师根据事实和法律为被告人辩护被认为“替坏人说话”、“丧失阶级立场”，省司法厅长和一批干部、律师被错定为右派分子。1958年2月，省司法厅与省法院合署办公。同年11月，随着司法部被撤销，省司法厅也被撤销。1959—1961年，国家国民经济处于困难时期，并入法院的司法行政工作，主要是搞些调查研究及指导人民调解工作。1962年上半年的中共中央扩大会议后，纠正了一些所谓破坏“大跃进”的错误，同时甄别纠正了司法干部中被错反右倾问题，法制秩序有所恢复。1966年开始的十年“文革”中，国家民主法制遭到严重破坏，林彪、江青反革命集团推行极左路线，提出“砸烂公检法”的反动口号，政法机关被所谓造反派夺权。由当时建立的人民保卫组取代公检法，实行所谓“群众专政”，造成了大量的冤假错案。直至1978年党的十一届三中全会后，这一错误才得到彻底纠正。
具有历史意义的中国共产党十一届三中全会，确定了“发展社会主义民主，健全社会主义法制”的方针。继公检法机关恢复之后，1979年10月28日，中共中央、国务院发文，要求迅速建立地方司法行政机关。1980年3月1日，省司法局正式成立（同年9月1日改称司法厅）。厦门市司法局于1980年12月6日批准成立，并于1981年初组建完毕。同年，全市6个区（县）相继成立了司法局（科），乡、镇（街道）设司法助理员。1982年12月，新《宪法》颁布，明确规定由国务院领导和管理司法行政工作。1983年，中央将监狱、劳动教养工作重新划为司法行政部门管理。按照此规定，7月1日，厦门劳动教养所归属厦门市司法局管理和领导。1987年，新建的湖里区成立了司法局。1985年，中共中央书记处221会议纪要，批转司法部提出的司法行政工作“四个服务”的业务指导思想（为改革开放和经济建设服务，为社会主义民主与法制建设服务，为国家的长治久安服务，为维护公民合法权益和方便群众服务），为司法行政工作指明了方向。
厦门市司法局组建初期，内设1室3科，机关人员只有18名。另外，全市只有2个法律顾问处和2个公证处。随着厦门市改革开放的不断深入，厦门的司法行政事业不断地发展起来。至2001年6月，市司法局机关内设机构有12个处室（1989年5月1日科改处），直属单位有劳教所、法律援助中心、“96148”协调指挥中心和法制培训中心等。有电大工作站、9个公证处和 33个律师事务所，对口管理的有市法学会、市律师协会和市公证员协会，行政区域内辖有7个区司法局和22个镇（街）司法办公室。现局机关有行政编制人员70名。
厦门市司法局成立20年来，全面履行司法行政职能，坚持依法办事，为维护社会稳定，加强社会主义民主与法制建设，保障改革开放，促进经济发展，发挥了重要作用。